เขื่อนญี่ปุ่นบางนราเป็นโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ของ พระบาทสมเด็จพระมหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ที่ทรงเสด็จเยี่ยมราษฎรในพื้นที่จังหวัดนราธิวาส ที่มาของชื่อเรียก เขื่อนญี่ปุ่นนี้ก็เพราะว่ารัฐบาลญี่ปุ่นได้ให้ความช่วยเหลือสนับสนุน ในการสร้างเขื่อนตามที่ทางการไทยได้ขอความช่วยเหลือเพื่อวาง โครงการ ออกแบบอาคารประตูระบายน้ำปิดกั้นแม่น้ำบางนราแห่งนี้ ซึ่งดำเนินการสร้างเสร็จเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๐